慢性肠炎的症状较多，常见的有腹部不适，多数患者会有不同程度的腹部隐痛，疼痛时间可能持续数周甚至数月不等。
肠道功能方面的症状
腹泻： 这是慢性肠炎比较典型的症状之一。有的患者每天腹泻3 - 5次，大便质地稀软，可能呈糊状或者水样；也有的患者腹泻程度相对轻一些，大便次数在每天1 - 2次，但大便始终不成形。便秘： 部分慢性肠炎患者会出现便秘情况，大便干结，排便困难，间隔时间较长，可能2 - 3天甚至更久才排便一次。
全身症状表现
乏力： 患者会感觉身体没劲儿，精神状态不佳，稍微活动就容易疲惫，这种乏力感会持续存在，影响日常生活和工作。消瘦： 如果病情持续时间较长，营养吸收受到影响，患者可能会出现体重下降、消瘦的情况，体重可能在几个月内减轻3 - 5公斤甚至更多。
消化系统其他症状
腹痛： 除了腹部隐痛外，有的患者腹痛表现为胀痛，尤其是在进食后可能会加重。还有些患者会有绞痛感，疼痛较为剧烈，不过这种情况相对少一些。腹胀： 患者会感觉腹部胀满，肚子看起来鼓鼓的，进食后腹胀感往往更明显，有时还会伴有嗳气现象。