肛门流脓可能是由多种疾病引起，包括肛瘘、肛裂、肛周脓肿等。
一、肛瘘：由内口、瘘管、外口三部分构成。内口多以原发性感染为主，多数发生在肛管齿状线附近的肛窦区，原发内口持续感染且有大量污染物经内口流入病灶。异物刺激脓腔会导致炎症难以消除，从而使外口里的分泌物不断流出。
二、肛裂：和肛窦炎局部感染、大便硬结、肛管狭窄、精神紧张等存在一定关联。肛裂可致使齿状线下肛管皮肤层裂伤，造成局部创面出血，同时还会伴有发热、流脓水、肛门瘙痒等症状。
三、肛周脓肿：主要因细菌在肛隐窝感染而引起肛管直肠周围软组织出现脓肿。可能由外伤、结核病、放化疗等引发。肛门处会有肿块、疼痛、排尿困难、肛门坠胀感、发热、寒战等表现，若肿瘤破裂则会有脓液流出。
此外，肛门流脓还可能是肛窦炎等疾病导致。如果这种情况持续不缓解，务必及时就医进行治疗，以免延误病情。