肛门流脓不一定是肛瘘，还可能是其他疾病引起，以下是一些可能的原因：
1.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，脓肿破溃后可形成肛瘘。
2.克罗恩病：一种病因尚不明确的胃肠道慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，其中以末端回肠和右半结肠最为多见。肛周病变为肛瘘、肛裂、肛门周围脓肿等。
3.溃疡性结肠炎：病因尚不明确，可能与环境、遗传、肠道微生态、免疫等因素有关。病变主要限于大肠黏膜与黏膜下层，表现为腹泻、黏液脓血便、腹痛。部分溃疡性结肠炎患者可并发肛瘘。
4.肠结核：由结核分枝杆菌引起的肠道慢性特异性感染，主要由人型结核分枝杆菌引起，少数地区有因饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品而发生牛型结核分枝杆菌感染。本病主要经口感染，患者常有开放性肺结核或喉结核，因经常吞下含结核菌的痰液而发病。
5.肛门直肠外伤：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，也可发展成肛瘘。
6.其他：恶性肿瘤、肛管外伤感染、会阴部手术、局部损伤、放射性治疗、异物、药物等也可引起肛门直肠周围脓肿，破溃后形成肛瘘。
因此，如果出现肛门流脓的症状，不一定是肛瘘，还可能是其他疾病引起。需要及时就医，进行详细的检查，如肛门指诊、肛门镜检查、血常规、结核菌素试验、结肠镜检查等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。