肛门流脓可能是由多种疾病导致，主要包括肛瘘、肛裂、肛周脓肿等。
一、肛瘘：肛瘘由内口、瘘管、外口三部分构成。内口多以原发性感染为主，大多发生在肛管齿状线附近的肛窦区，原发内口持续感染，且有大量污染物经内口流入病灶。异物的刺激会使脓腔的炎症难以消除，从而导致外口里的分泌物不断流出。
1.内口：是肛瘘形成的重要起始点。
2.瘘管：连接内口与外口的通道。
3.外口：分泌物由此排出。
二、肛裂：与肛窦炎局部感染、大便硬结、肛管狭窄、精神紧张等有关。肛裂会导致齿状线下肛管皮肤层裂伤，造成局部创面出血，同时还会伴有发热、流脓水、肛门瘙痒等症状。
1.原因：包括多种因素。
2.症状表现：有出血及其他多种不适。
三、肛周脓肿：主要因细菌在肛隐窝感染，致使肛管直肠周围软组织形成脓肿。可能由外伤、结核病、放化疗等引起。肛门部位会出现肿块、疼痛、排尿困难、肛门坠胀感、发热、寒战等，若肿瘤破裂，会有脓液流出。
1.形成原因：肛隐窝感染等。
2.相关症状：有一系列典型表现。
肛门流脓还可能与肛窦炎等疾病有关，如果这种情况持续不缓解，务必及时就医治疗，以免延误病情。