月经过后小肚子疼的原因包括妇科疾病、胃肠道炎症以及生理性原因等。具体如下：
一、妇科疾病：
1.盆腔炎，如子宫内膜炎、卵巢炎、输卵管炎等，这些疾病可引发小肚子痛，会有压痛、反跳痛表现，同时伴有阴道分泌物增多以及白带异味现象，严重时还可导致腰酸、腰痛、肛门下坠感。
二、胃肠道炎症：
女性若有胃肠道疾病，月经过后身体抵抗力往往会较差，易受细菌、病毒侵袭，从而加重炎症或使原有炎症复发，进而出现小肚子疼痛症状。
三、生理性因素：
除了疾病因素外，一些生理性原因也可能导致月经过后小肚子疼，比如腹部受凉、食用过多生冷及刺激性过强的食物、不良生活习惯等，这些都有可能引起小肚子疼痛。
总之，月经过后出现小肚子疼痛，如果经过保暖、喝些温热水等调理后仍不能改善，建议进一步就诊做相关疾病的排查。