胃肠道过敏时，常见的症状有腹痛，大约有60% - 80%的胃肠道过敏患者会出现不同程度的腹痛，疼痛部位多在脐周；还会有腹泻表现，每天可能腹泻数次至十余次不等，大便多为稀水样便。
胃肠道过敏的消化系统症状
恶心呕吐： 部分胃肠道过敏者会出现恶心症状，严重时可能引发呕吐，一般呕吐物为胃内未消化的食物等。腹胀： 患者会感觉腹部胀满不适，尤其是进食后腹胀感更明显，有时可伴有腹部叩诊呈鼓音。
胃肠道过敏的其他伴随症状
皮肤表现： 可能出现皮肤瘙痒，尤其是在胃肠道过敏时，皮肤瘙痒可单独出现或与其他症状伴随，有些患者还会伴有皮疹，皮疹形态多样，如红斑、风团等。呼吸道相关症状： 少数胃肠道过敏者可能伴有呼吸道症状，比如打喷嚏、流鼻涕等，这是因为过敏反应可能累及呼吸道黏膜。
儿童胃肠道过敏的特殊情况
儿童胃肠道过敏时，除了上述一般症状外，还可能影响生长发育。因为胃肠道过敏会导致营养吸收不良，长期如此可能使儿童身高、体重增长缓慢，低于同年龄、同性别儿童的正常生长曲线。而且儿童表达能力有限，可能会通过哭闹等方式来表达身体的不适。
胃肠道过敏的严重情况
如果胃肠道过敏比较严重，可能会出现休克样表现，如面色苍白、血压下降、心率加快等，这种情况较为危急，需要立即就医进行抢救。另外，严重的胃肠道过敏还可能导致肠道黏膜损伤、出血等情况，通过大便常规检查可能会发现潜血阳性等异常。