肠胃过敏的症状多样，常见的消化系统症状中，约有50%左右的肠胃过敏患者会出现腹痛，疼痛程度不一，可为隐痛或绞痛；还可能有腹泻表现，每天腹泻次数可能在3~10次不等，大便多为稀水样或糊状。
消化系统相关症状
腹痛表现： 疼痛部位不固定，多在肚脐周围或下腹部，疼痛性质多样，有的患者是胀痛，有的是刺痛。一般在进食后症状可能会加重，而排便后有一定缓解。腹泻特点： 大便通常不成形，可能含有未消化的食物残渣，部分患者腹泻与进食有关，比如进食某些特定食物后立刻出现腹泻。
其他系统相关症状
皮肤症状： 约有1/3的肠胃过敏患者会出现皮肤表现，比如皮肤瘙痒，搔抓后可能出现红斑、风团等，尤其是接触过敏原后皮肤症状更易出现；还有可能出现皮疹，皮疹形态多样，可为红斑疹、丘疹等。呼吸道症状： 少数肠胃过敏患者会有呼吸道相关症状，像鼻塞、流涕，这是因为过敏反应累及呼吸道黏膜，约有10%~20%的肠胃过敏患者可能出现此类情况，严重时可能会有喘息，但相对较少见。
全身症状
疲劳乏力： 部分肠胃过敏患者会感觉全身乏力，精神状态不佳，这种情况可能持续较长时间，尤其是过敏反应比较明显的时候，大约有20%~30%的患者会出现不同程度的疲劳感。情绪变化： 有的患者可能会出现情绪方面的改变，比如焦虑、烦躁，这可能与身体不适以及对疾病的担忧等多种因素有关，大约有15%左右的患者会有情绪上的波动。