怀孕三个月腰疼可能由生理原因和病理原因引起，比如缺钙、腰椎疾病等。
一、生理原因：
1.在怀孕三个月时，子宫逐渐变大，会使身体重心前移，此时孕妇为保持重心平衡，就可能出现腰部疼痛现象。
2.怀孕后通常运动量减少，久坐也容易引发腰疼。
二、缺钙原因：
怀孕三个月时，胎儿的发育对钙的需求量增加，如果没有及时补钙，也会导致腰疼情况的出现。所以在孕期及时补钙是非常重要的。
三、腰椎疾病原因：
少数孕妇在孕前可能本身就有椎间盘突出或椎间盘膨出等情况，平时临床症状可能不明显，但随着怀孕后体重的增加，会使原有疾病进一步加重，从而可能导致在怀孕三个月时出现腰疼。
当怀孕三个月出现腰疼时需要引起重视，建议适当补钙并进行适当活动，观察腰疼是否好转，如果持续不缓解，就需要及时到当地医院妇产科就诊，查找原因并针对性地制定治疗方案，避免因腰疼而对胎儿及孕妇的身体状况产生不利影响。