女性肛瘘的成因主要有以下几点：
1.感染：肛瘘主要是由于肛管直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部的皮肤和黏膜也会逐渐长好，而原来的感染化脓的地方则逐渐凹陷，最终形成瘘管。
2.肛周脓肿：肛周脓肿是导致肛瘘的主要原因之一。肛周脓肿自行破溃或切开引流后，脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍可从瘘口继续进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。
3.直肠肛门损伤：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。
4.肛裂：肛裂反复感染也可并发皮下瘘。
5.会阴部手术：内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染均可引发肛瘘。
肛瘘不能自愈，不及时治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此，一旦发现肛瘘，应及时到医院进行治疗。