脑动脉粥样硬化的治疗药物选择需根据具体情况而定，一般常用的药物有抗血小板药物、他汀类药物等。比如阿司匹林等抗血小板药物可以防止血小板聚集形成血栓，他汀类药物如阿托伐他汀等可以降低血脂，稳定斑块。
抗血小板药物
阿司匹林： 通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A₂的生成，从而抑制血小板聚集。一般适用于大多数脑动脉粥样硬化患者，但有消化道溃疡等病史的患者需谨慎使用。氯吡格雷： 是一种二磷酸腺苷P2Y₁₂受体拮抗剂，抑制血小板聚集。对于不能耐受阿司匹林的患者可以选用，不过可能会有出血等不良反应风险。
他汀类药物
阿托伐他汀： 可以降低血清胆固醇和脂蛋白水平，稳定动脉粥样硬化斑块，延缓斑块进展。一般建议晚上服用，用药期间需要定期监测肝功能等指标。瑞舒伐他汀： 同样具有降低血脂，稳定斑块的作用，也需要注意监测肝功能等，其降血脂的作用可能相对较强一些。
其他药物
依折麦布： 可以抑制肠道对胆固醇的吸收，与他汀类药物联合使用可以增强降低胆固醇的效果。适用于单独使用他汀类药物胆固醇降低不明显的患者，但也可能会有肝功能异常等不良反应。血管紧张素转换酶抑制剂（ACEI）或血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂（ARB）： 如贝那普利、氯沙坦等，这类药物除了可以降低血压外，还可能对血管有保护作用，有助于改善脑动脉粥样硬化患者的血管内皮功能等，但用药过程中要注意监测血压等指标。