小便时尿道疼可能由多种原因引起。比如尿道炎较为常见，女性尿道短而直，更易发生，约50%的女性在一生中会遭遇至少一次尿道炎发作。
尿道炎导致的尿道疼
淋菌性尿道炎：由淋病奈瑟菌感染所致，主要通过性接触传播，除了尿道疼，还可能出现尿道口红肿、有脓性分泌物等症状。非淋菌性尿道炎：多由衣原体或支原体感染引起，症状相对淋菌性尿道炎稍轻，尿道会有瘙痒感，伴有较轻的尿痛，分泌物一般为稀薄的黏液状。
膀胱炎引发的尿道疼
急性膀胱炎：常见症状有尿频、尿急、尿痛，还可能出现下腹部疼痛，尿液外观可能浑浊，有时会有血尿。一般来说，通过尿常规检查能发现白细胞等异常。慢性膀胱炎：多由急性膀胱炎迁延不愈转变而来，症状相对较轻，尿道疼程度时轻时重，可能会反复出现尿频、尿急等症状。
泌尿系统结石造成的尿道疼
尿道结石：除了尿道疼，还可能出现排尿困难，尿液排出不顺畅，严重时会有尿潴留。结石较小时可能会随着尿液排出，有时能感觉到尿道内有异物感。膀胱结石：主要症状是排尿中断，在排尿过程中结石移动堵塞尿道内口，导致排尿突然停止，改变体位后又能继续排尿，同时伴有尿道疼。
其他可能的原因
尿道损伤：有明确的尿道损伤史，比如外力撞击、器械检查等，受伤后立即或稍后出现尿道疼，排尿时疼痛加剧。过敏反应：对某些物质过敏，如使用了不合适的卫生用品等，可能会引起尿道局部过敏，出现尿道疼，同时可能伴有尿道周围皮肤的瘙痒、皮疹等表现。