早上起来两个肩膀疼痛可能由肩膀受凉、睡姿不当、肌肉劳损等原因引起。具体如下：
一、肩膀受凉：睡觉时若未注意肩膀保暖，使其受凉，会致使肩膀部位血管收缩，局部缺血、缺氧，从而引发疼痛。对此，可对肩膀进行热敷，通常能缓解疼痛。
二、睡姿不当：不当睡姿导致肩膀受压，使局部血液循环受阻，会出现肩膀酸胀、发麻、疼痛等症状。患者适当活动肩膀后，一般可自行恢复。
三、肌肉劳损：剧烈运动、重体力劳动等因素可能造成肌肉劳损，进而导致肩膀肌肉出现肿胀、疼痛等状况。此时患者应及时就医，遵医嘱服用对乙酰氨基酚片、布洛芬缓释胶囊等药物进行治疗，这些药物能抑制前列腺素的合成，发挥镇痛作用。
此外，该症状还可能与肩膀部位的炎症、关节脱位、肌腱损伤、神经压迫、骨折等有关，需及时进行相应治疗。
总之，早上起来肩膀疼痛的原因多样，要根据具体情况进行分析和处理。若疼痛持续不缓解或伴有其他不适，应及时就医。