怀孕三个月腰疼可能由生理原因或病理原因引起，比如缺钙、腰椎疾病等。
一、生理原因：
1.怀孕三个月时，子宫逐渐增大，会导致身体重心前移，孕妇为了保持重心平衡，就容易出现腰部疼痛。
2.怀孕后孕妇通常活动减少，久坐的情况可能较多，这也容易引发腰疼。
二、缺钙：
怀孕三个月，胎儿发育对钙的需求增加，如果没有及时补钙，就可能导致腰疼现象出现。所以孕期及时、合理地补钙非常重要。
三、腰椎疾病：
有少数孕妇在孕前可能本身就有椎间盘突出或椎间盘膨出等情况，平时可能临床症状不明显，但怀孕后随着体重增加，会使原有疾病进一步加重，从而可能导致在怀孕三个月时出现腰疼。
对于怀孕三个月腰疼的情况需要予以重视。建议适当补充钙质，适度进行活动，观察腰疼是否有所好转。如果持续不缓解，就需要及时到当地医院妇产科就诊，查找原因，以便针对性地制定治疗方案，避免因腰疼对胎儿及孕妇自身健康状况产生不良影响。