凌晨三点咳嗽，可能与非病理性因素如天气寒冷有关，也可能和病理性因素如肺炎、气管炎、肺结核、哮喘等有关。若症状持续，建议至呼吸内科就诊，在医生指导下选择合适方法改善病情。
一、非病理性因素：
凌晨三点时天气寒冷，若未做好保暖，吸入冷空气后，其对呼吸道产生刺激可引发痉挛，从而出现凌晨三点咳嗽现象。对此种情况，通常无需特殊治疗，夜间睡觉时注意保暖，当刺激减少，咳嗽会逐渐恢复。
二、病理性因素：
1.肺炎：
可能与病毒或细菌感染相关，感染损伤肺部组织后导致炎症发生，会引起多数患者夜间咳嗽加重，出现凌晨三点咳嗽情况。
对于肺炎，需先确定感染类型。若是病毒感染引起，可遵医嘱使用利巴韦林片等抗病毒药物治疗；若是细菌感染导致，则要遵医嘱使用阿莫西林胶囊、阿奇霉素片等抗生素药物治疗。
2.气管炎：
可能由感染、粉尘刺激、污染、抽烟等因素导致，发病后使气管部位产生炎症，受炎症对气道的刺激影响，患者可出现长期咳嗽，晚上气管炎发作时就会有此症状。
可在医生指导下使用阿莫西林胶囊、阿奇霉素颗粒等抗生素药物进行治疗。
3.肺结核：
主要因感染结核分枝杆菌引发的呼吸道传染性疾病，多数肺结核患者会在夜间及凌晨咳嗽，出现凌晨三点咳嗽情况，同时常伴有痰中带血、盗汗、胸痛等症状。
可遵医嘱给予利福平胶囊、异烟肼片等药物治疗以缓解症状。
4.哮喘：
受遗传、粉尘刺激等因素影响，患者气道出现慢性炎症而引发哮喘发作，若凌晨三点哮喘发作，受炎症刺激可出现咳嗽导致凌晨三点咳嗽。
可遵医嘱使用糖皮质激素进行治疗，常用的药物有醋酸地塞米松片、氢化可的松片等。
总之，凌晨三点咳嗽的原因较多，要根据具体情况进行分析和处理，必要时寻求专业医生的帮助。