孢子菌毛囊炎主要由马拉色菌感染引起，治疗常用抗真菌药物。一般来说，外用抗真菌药物和口服抗真菌药物都可用于治疗孢子菌毛囊炎，其中外用药物如酮康唑洗剂等有一定疗效，口服药物像伊曲康唑等也较为常用。
外用抗真菌药物
酮康唑洗剂： 它可以抑制马拉色菌的生长繁殖。使用时，取适量酮康唑洗剂涂抹在患处，轻轻按摩几分钟后冲洗干净，一般每周使用2 - 3次。不过，对酮康唑过敏的人不能使用。联苯苄唑乳膏： 属于外用抗真菌药膏，能通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。清洁皮肤后，将联苯苄唑乳膏均匀涂抹在患处，一天使用1次即可。但如果皮肤有破损且伴有明显疼痛时，使用该药膏可能会有刺激感，这种情况要谨慎使用。
口服抗真菌药物
伊曲康唑： 是一种广谱抗真菌药，能作用于马拉色菌的细胞色素P450，抑制其麦角固醇的合成。一般成人患者可以服用伊曲康唑胶囊，不过肝功能异常者要慎用，使用前需要评估肝功能情况。氟康唑： 也可用于孢子菌毛囊炎的治疗，它能干扰真菌细胞色素P450的活性，从而抑制真菌细胞膜主要成分麦角固醇的生物合成。氟康唑口服吸收良好，但是孕妇和哺乳期妇女禁用，因为可能会对胎儿或婴儿产生不良影响。
治疗中的注意事项
皮肤清洁： 患者要注意保持皮肤清洁干燥，特别是容易出汗的部位，比如颈部、胸背部等。每天可以用温水清洗患处，但要避免过度搓洗，防止皮肤破损加重感染。生活习惯： 要尽量避免长时间处于高温、高湿的环境中，减少出汗。同时，要注意个人卫生，勤换衣物，尤其是贴身的内衣裤，最好选择棉质透气的衣物。另外，患者使用过的毛巾、床单等物品要定期进行消毒处理，可以通过高温煮沸的方式消毒。