孢子菌毛囊炎通常可以使用抗真菌药物来治疗，一般常用的有伊曲康唑等药物。一般来说，规范使用抗真菌药物有较好的治疗效果。
外用抗真菌药物
酮康唑洗剂：可以抑制真菌的生长繁殖。使用时，取适量酮康唑洗剂涂抹在患处，轻轻按摩后冲洗干净，每周可使用2 - 3次。不过，皮肤有破损的地方使用时要谨慎，可能会有一定刺激感。联苯苄唑乳膏：属于外用抗真菌药膏，直接涂抹在患处，每天使用1次即可。它能通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用，但对皮肤敏感的人，使用后可能会出现局部发红、瘙痒等不适，如果症状严重需停药。
口服抗真菌药物
伊曲康唑：是常用的口服抗真菌药，能有效抑制孢子菌的生长。不过，肝功能不全的人要慎用，因为药物需要通过肝脏代谢，使用前最好先检查肝功能。一般需要按照疗程服用，但具体疗程要根据病情严重程度由医生来定。氟康唑：也可用于治疗孢子菌毛囊炎，同样是通过干扰真菌细胞的代谢来发挥作用。对于一些不能耐受伊曲康唑的患者可以考虑使用，但孕妇和哺乳期女性禁用，而且用药期间要定期监测肝功能等指标。
治疗中的注意事项
保持皮肤清洁：患病期间要注意保持皮肤的清洁干燥，每天用温水清洗患处，但要避免过度搓洗，防止皮肤破损加重感染。比如每天洗澡后，及时擦干身体，尤其是容易长孢子菌毛囊炎的部位。避免搔抓：要尽量避免用手搔抓患处，因为搔抓可能会导致皮肤破损，一方面容易使病情加重，另一方面还可能引起继发感染。如果觉得瘙痒难忍，可以在医生指导下使用一些止痒的药物来缓解。注意个人卫生用品：患者使用的毛巾、浴巾等个人卫生用品要定期消毒，比如可以用开水烫洗或者放在阳光下暴晒，防止再次感染孢子菌。