胃食管反流病是由多种因素共同作用引起的，其中食管下括约肌功能障碍是重要原因之一，约有40%的胃食管反流病患者存在食管下括约肌压力降低的情况。另外，食管清除作用降低也与之相关，正常情况下食管通过蠕动等方式清除反流物，当食管清除作用减弱时，就容易导致反流物在食管内停留时间延长，增加对食管黏膜的刺激。还有胃酸等反流物的侵袭也是关键因素，过多的胃酸等反流物会损伤食管黏膜，引发炎症等病变。
食管下括约肌相关因素
食管下括约肌结构异常： 比如食管下括约肌的肌肉存在先天性发育不良等情况，会导致其结构出现问题，影响正常的关闭功能，使得胃酸等容易反流至食管。食管下括约肌功能障碍： 一些因素可引起食管下括约肌松弛异常，像高脂肪饮食、巧克力等，可能会使食管下括约肌压力降低，从而容易引发胃食管反流。
食管清除作用方面
食管蠕动减弱： 老年人或者患有某些神经系统疾病的人群，食管蠕动功能可能会减弱，这样就不能有效地将反流至食管的胃内容物及时清除，增加了胃食管反流病的发病风险。唾液分泌减少： 唾液可以帮助中和胃酸、清除反流物等，如果唾液分泌减少，比如一些药物副作用导致唾液分泌减少时，食管清除反流物的能力就会下降，容易诱发胃食管反流病。
反流物侵袭因素
胃酸过度分泌： 某些疾病状态下，比如十二指肠 - 胃反流时，会导致胃酸分泌过多，过多的胃酸反流至食管，会损伤食管黏膜，引发胃食管反流病相关症状。胃内压增高： 如肥胖人群，腹腔压力增高，容易导致胃内压升高，使得胃内容物更容易反流至食管；另外，妊娠中晚期的女性，由于子宫增大等原因，也可能会出现胃内压增高，增加胃食管反流的发生几率。