阴茎扭转的原因目前尚未完全明确，可能与先天性发育异常有关。胚胎发育过程中，尿道海绵体发育异常等情况可能导致阴茎扭转。另外，在胎儿时期，阴茎的血液供应出现异常，也可能影响阴茎的正常发育，进而引发扭转。还有一种情况是，在生长发育过程中，阴茎白膜发育不均衡，一侧白膜过多，一侧白膜过少，导致阴茎向白膜多的一侧扭转，这种情况在儿童时期可能逐渐显现出来。
胚胎发育因素
先天性尿道海绵体发育异常： 在胚胎发育早期，尿道海绵体的形成出现偏差，会影响阴茎的正常结构和位置，从而增加阴茎扭转发生的可能性。一般这种胚胎发育的异常是在受孕后的早期阶段就已经形成，但具体的发生概率目前并没有精确的统计数字，但确实是导致阴茎扭转的重要胚胎因素之一。阴茎血液供应异常： 胎儿时期阴茎的血液供应如果出现问题，比如某一支血管发育不良或出现堵塞等情况，会影响阴茎组织的正常生长和塑形，使得阴茎在发育过程中无法保持正常的位置，进而引发扭转。
白膜发育不均衡
白膜分布差异： 正常情况下，阴茎的白膜分布应该是相对均匀的，但如果出现一侧白膜增厚，另一侧白膜相对薄弱的情况，就会打破阴茎结构的平衡。例如，当阴茎勃起时，由于两侧白膜的弹性和张力不同，就容易导致阴茎向白膜厚的一侧发生扭转。这种白膜发育不均衡的情况可能在个体出生时就存在一定的基础，但可能在青春期阴茎发育加速等情况下才更明显地表现出扭转症状。生长发育影响： 在青少年生长发育过程中，阴茎也在不断生长变化，如果白膜的不均衡发育没有得到及时纠正，随着年龄增长，阴茎扭转的情况可能会逐渐加重。比如，一些处于青春期的男性，可能会因为阴茎白膜发育的问题逐渐出现明显的阴茎扭转现象。
其他可能因素
创伤因素： 虽然相对较少见，但阴茎部位受到外伤，如严重的外力撞击等，也可能导致阴茎扭转。不过这种情况一般有明确的外伤史，而且在受伤当时就可能出现明显的阴茎位置异常。比如，在一些激烈的运动或意外事故中，阴茎受到暴力冲击后发生扭转，这是相对特殊的一种情况，但也不能忽视。疾病相关因素： 某些罕见的先天性疾病或综合征可能与阴茎扭转有关联。例如，一些染色体异常相关的疾病，可能会同时伴有阴茎发育的异常，包括阴茎扭转。但这类情况相对非常罕见，需要通过详细的检查和诊断来明确是否存在相关的疾病基础。