新生儿巨细胞病毒感染主要是由母婴传播引起的。据相关研究，约有1% - 2%的先天性巨细胞病毒感染是在子宫内发生的。
母婴垂直传播：
宫内感染： 孕妇原发感染巨细胞病毒后，病毒可通过胎盘感染胎儿。孕妇初次感染巨细胞病毒时，病毒可通过血液循环穿过胎盘屏障到达胎儿体内，从而导致胎儿感染。产道感染： 分娩时，胎儿通过产道接触含有巨细胞病毒的母亲宫颈分泌物而被感染。
医源性感染：
输血或血制品传播： 如果输入了含有巨细胞病毒的血液或血制品，新生儿可能会被感染。不过这种情况相对较少见，但也是新生儿巨细胞病毒感染的病因之一。例如，在一些医疗操作中，如果血制品的筛查不严格，就可能导致新生儿感染。器官移植传播： 如果新生儿接受了含有巨细胞病毒的器官移植，也可能引发感染。不过这种情况主要发生在有器官移植等特殊医疗情况的新生儿中。
密切接触传播：
家庭密切接触： 新生儿出生后与感染巨细胞病毒的家庭成员密切接触，也可能被感染。比如，家庭成员携带巨细胞病毒，通过亲吻、共用餐具等方式将病毒传播给新生儿。如果家中有成年人感染了巨细胞病毒，在照顾新生儿时没有注意卫生，就容易导致新生儿接触到病毒而感染。医疗机构内密切接触： 在新生儿重症监护病房等医疗机构内，如果有工作人员携带巨细胞病毒，并且没有做好防护措施，也可能通过接触传播给新生儿。例如，工作人员的手接触了带有巨细胞病毒的物品后，再接触新生儿，就可能导致感染。