直肠黏膜脱垂的治疗方法需根据患者具体情况而定。
一、对于直肠黏膜脱垂较轻的患者，可采用手法复位。即让患者臀部抬高呈俯卧位，医生对肛门周围进行按摩，然后从脱垂直肠的顶端向肛门内均匀用力，直至将其还纳。
二、若直肠黏膜脱垂情况相对严重，可运用硬化剂注射疗法。主要是把硬化剂注射到脱垂部位的黏膜下层内，接着将脱垂的直肠推入体内。同时要尽可能消除如长期便秘需及时润肠通便、反复慢性咳嗽等直肠脱垂的诱发因素，经过一段时间调养有望恢复。
三、而对于直肠黏膜脱垂非常严重的患者，较好的办法是手术治疗。当前主要考虑采用肛门环缩小术或括约肌成形手术，具体方式是通过吻合器进行直肠松弛黏膜切除以及缝合。
总之，直肠黏膜脱垂的治疗要依据病情严重程度选择合适的方法，以达到较好的治疗效果。