直肠粘膜内脱垂的治疗需根据病情轻重等因素选择合适方式，一般轻度的可以先通过非手术治疗缓解，中重度可能需要手术干预。
非手术治疗为主
一般生活方式调整：
饮食方面：要多吃富含膳食纤维的食物，像全麦面包、新鲜蔬菜（如芹菜、菠菜等）、水果（如香蕉、苹果等），每天膳食纤维摄入量建议保持在25~35克左右，这样能促进肠道蠕动，防止便秘，因为便秘是加重直肠粘膜内脱垂的常见诱因之一。排便习惯培养：养成定时排便的习惯，尽量每天固定在一个时间段排便，比如早晨起床后或饭后半小时左右，排便时间最好控制在5~10分钟内，不要长时间蹲厕。
药物辅助治疗
局部用药：
痔疮膏类：可以使用含有氢化可的松等成分的痔疮膏，局部涂抹能起到一定的消炎、消肿作用，缓解因直肠粘膜内脱垂可能导致的局部不适、坠胀感等症状，但只能起到辅助缓解症状的作用，并不能从根本上治疗直肠粘膜内脱垂。
口服药物：
补中益气类药物：比如补中益气丸，它可以起到补中益气的作用，对于因中气下陷导致的直肠粘膜内脱垂有一定的辅助治疗效果，不过具体效果因个体差异有所不同。
手术治疗情况
注射治疗：
硬化剂注射：对于部分轻中度的直肠粘膜内脱垂患者，可以采用硬化剂注射治疗。常用的硬化剂有5%石炭酸植物油等，通过将硬化剂注射到直肠粘膜下层，使粘膜与肌层发生粘连，从而固定直肠粘膜，一般一次注射后可能需要观察恢复情况，少数患者可能需要再次注射。
手术切除治疗：
吻合器痔上粘膜环切术（PPH）：适用于较为严重的直肠粘膜内脱垂患者。该手术是利用吻合器将脱垂的直肠粘膜环形切除并吻合，从而达到治疗的目的，手术相对创伤较小，但也存在一定的手术风险，如出血、感染、吻合口狭窄等并发症的可能，术后需要注意休息，遵循医生的术后康复指导。