治结肠炎并没有绝对最有效的药，需根据具体类型等选择。一般来说，氨基水杨酸制剂是常用的，像柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症反应，对轻、中度结肠炎有一定疗效。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 通过分解出的成分发挥作用，对轻、中度溃疡性结肠炎有一定治疗效果，能缓解腹泻、腹痛等症状，但可能会引起恶心、呕吐等胃肠道反应。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂，局部作用于肠道炎症部位，抗炎效果较好，副作用相对柳氮磺吡啶可能稍小些，同样可用于轻、中度结肠炎的治疗。
糖皮质激素
泼尼松： 属于糖皮质激素类药物，对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度及重度结肠炎患者有较好的抗炎作用，能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，比如骨质疏松、免疫力下降等。氢化可的松： 可用于急性发作期的重度结肠炎，能迅速控制炎症，但使用时要注意监测血糖等指标，长期使用也会带来像感染风险增加等不良反应。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，它能抑制免疫反应，但起效相对较慢，可能需要几周甚至数月才能看到明显效果，而且使用过程中要定期监测血常规等指标，防止出现白细胞减少等情况。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用类似，也是用于免疫抑制治疗结肠炎，不过个体对药物的反应可能不同，使用时也需密切关注身体状况。