巨细胞病毒感染的症状因感染人群不同而有所差异。对于健康成年人，多数人感染后无症状，少部分人可能出现类似单核细胞增多症的表现，如发热、乏力、咽痛、淋巴结肿大等，症状一般持续数周可自行缓解。而对于婴儿等特殊人群，症状相对复杂。
婴儿巨细胞病毒感染的症状
先天性感染婴儿： 部分婴儿出生时可无症状，但约10%的婴儿会出现生长发育迟缓、小头畸形、肝脾肿大、黄疸等表现，还有可能出现血小板减少性紫癜，皮肤出现瘀点或瘀斑。围生期感染婴儿： 多数无症状，少部分婴儿可能有轻度肝炎表现，如肝肿大、肝功能异常等，一般症状较轻，预后相对较好。
免疫功能正常成人巨细胞病毒感染的症状
无症状感染： 占大多数，没有任何明显的临床症状，通常是在体检或因其他疾病检查时发现巨细胞病毒抗体阳性。有症状感染： 少数人会出现类似单核细胞增多症的表现，主要有发热，体温可达到38℃~39℃，可持续数周；乏力明显，感觉全身没力气；咽痛较为明显，吞咽时疼痛加重；还可能出现淋巴结肿大，常见于颈部、腋窝等部位的淋巴结肿大，一般质地柔软，有轻度压痛。
免疫功能低下人群巨细胞病毒感染的症状
器官移植受者： 感染后可引起肺炎、肝炎等。肺炎表现为咳嗽、呼吸困难、胸痛等；肝炎可出现肝功能异常，如转氨酶升高等，严重时可能导致肝功能衰竭。艾滋病患者： 巨细胞病毒感染较为常见，可累及多个器官，如胃肠道感染时会出现腹痛、腹泻、便血等；眼部感染可引起视网膜炎，出现视力下降、眼前黑影等表现。