巨细胞病毒感染的症状因感染对象不同而有所差异。对于健康人群，多数感染后并无明显症状，部分人可能出现类似感冒的表现，如发热、乏力、肌肉酸痛等，持续时间可能较短。而对于免疫功能低下的人群，比如艾滋病患者、器官移植后长期使用免疫抑制剂的人，感染巨细胞病毒后症状会更严重，可能累及多个器官系统。比如会出现肺炎相关症状，如咳嗽、呼吸困难；还可能有胃肠道症状，像腹痛、腹泻、呕吐等；也可能有神经系统症状，如头痛、意识障碍等。
新生儿感染症状
先天性感染： 部分新生儿在子宫内就感染巨细胞病毒，可能出现生长受限、小头畸形、黄疸、肝脾肿大等症状。严重的还可能有血小板减少性紫癜、溶血性贫血等表现。出生后感染： 新生儿出生后感染巨细胞病毒，多数无症状，少部分可能出现肝炎，表现为皮肤和巩膜黄染、肝功能异常等，也可能有肺炎相关表现。
免疫功能正常人群感染症状
无症状感染： 大多数免疫功能正常的人感染巨细胞病毒后没有明显症状，病毒会长期潜伏在体内，当机体免疫功能下降时可能被激活。有症状感染： 少数人会出现类似感冒的症状，发热一般体温在38℃左右，可持续数天，同时伴有乏力、肌肉酸痛，部分人还可能出现咽痛、淋巴结肿大等表现，一般症状持续1 - 3周可自行缓解。
免疫功能低下人群感染症状
肺部感染： 如艾滋病患者感染巨细胞病毒后，肺部受累较为常见，表现为咳嗽、咳痰、进行性呼吸困难等，胸部影像学检查可能发现肺部浸润影。胃肠道感染： 会出现腹痛、腹泻，严重时可能有便血，影响营养吸收，导致体重下降等情况。神经系统感染： 可能出现头痛、记忆力减退、意识模糊等症状，严重时可导致癫痫发作、昏迷等。