三个月不来月经且没怀孕可能由多种因素引起，一般的治疗方式包含药物治疗、手术治疗以及生活调理等，医生会依据具体病情和身体状况等来确定合适的治疗方法。
一、药物治疗：
1.如果患者经过性激素检查或超声检查后被判断为是卵巢功能紊乱，可按照医嘱使用黄体酮胶丸或氯米芬片，或者进行肌肉注射尿促性素等药物。
二、手术治疗：
1.要是通过超声或腹腔镜检查确定是卵巢囊肿、子宫发育畸形等情况，就可以进行手术治疗，例如卵巢囊肿剥离术、子宫矫形术等。
三、生活调理：
1.许多患者由于学习和工作压力较大、精神处于紧张状态等，容易导致内分泌紊乱，进而出现三个月不来月经的现象。所以，针对这种情况，建议患者要养成良好的生活习惯，一定不要熬夜，做到早睡早起；合理安排膳食以保持营养均衡；适当进行体育锻炼；保持积极向上且乐观的心态。
总之，患者应尽早就诊，咨询医生，完善相关检查以明确病因，并积极配合医生进行处理。