甲状旁腺功能减退主要是甲状旁腺激素分泌减少或作用障碍导致的，原因有多种。其中，外科手术损伤是常见原因之一，比如甲状腺手术时，约有1% - 4%的概率会因误切或损伤甲状旁腺而引发甲状旁腺功能减退。
自身免疫性损伤
自身免疫性多内分泌腺综合征相关：部分自身免疫性多内分泌腺综合征患者会出现甲状旁腺功能减退，这类患者往往同时存在其他内分泌腺体的自身免疫损伤，像肾上腺、甲状腺等腺体也可能受累。自身免疫性因素导致机体产生攻击甲状旁腺的抗体，使得甲状旁腺功能受损，激素分泌不足。孤立性自身免疫性甲状旁腺功能减退：还有一种情况是孤立性自身免疫性甲状旁腺功能减退，即仅仅甲状旁腺受到自身免疫攻击，其他内分泌腺体正常。患者体内会检测到针对甲状旁腺的特异性自身抗体，从而影响甲状旁腺激素的正常合成与分泌。
遗传因素相关
家族性低钙血症性高甲状旁腺激素血症：这是一种常染色体显性遗传疾病，患者由于钙敏感受体基因发生突变，导致甲状旁腺对血钙的敏感性降低，即使血钙降低，甲状旁腺激素分泌也不能相应增加，进而出现甲状旁腺功能减退的表现，血钙水平通常会低于正常范围。其他遗传性甲状旁腺功能减退症：某些罕见的遗传性疾病也可能引发甲状旁腺功能减退，比如DiGeorge综合征，这是由于胚胎时期第三、第四咽囊发育异常，导致包括甲状旁腺在内的多种腺体发育缺陷，患者除了甲状旁腺功能减退外，还可能伴有心脏畸形、面部畸形等多种先天性异常。
其他少见原因
浸润性疾病：像血色病，患者体内铁代谢异常，过多的铁沉积在甲状旁腺等组织中，会损伤甲状旁腺的正常结构和功能，导致甲状旁腺激素分泌减少。还有淀粉样变性，异常的淀粉样物质沉积在甲状旁腺，影响其正常的生理功能，也可能引发甲状旁腺功能减退。放射性损伤：颈部接受放射性治疗时，比如治疗甲状腺癌等疾病，放射性物质可能会损伤甲状旁腺，导致甲状旁腺功能减退。这种情况的发生与放射性照射的剂量、范围等因素有关，剂量过高或照射范围涉及甲状旁腺区域，就容易造成甲状旁腺细胞受损，影响激素分泌。