甲状旁腺功能减退主要是甲状旁腺激素分泌减少或作用障碍导致的，其常见原因有以下几类。
手术相关因素
颈部手术损伤：约有80%的甲状旁腺功能减退病例与颈部手术有关，比如甲状腺癌根治术、甲状旁腺自身手术等。在进行颈部手术时，有可能误切、挫伤甲状旁腺，或者影响其血液供应，从而导致甲状旁腺功能减退。一般在术后1-3天内可能出现相关症状，严重时会影响钙磷代谢平衡。
自身免疫因素
自身免疫性损伤：自身免疫性疾病可攻击甲状旁腺，引发甲状旁腺功能减退。例如，自身免疫性多内分泌腺综合征患者，体内会产生攻击甲状旁腺的自身抗体，破坏甲状旁腺组织，影响其正常分泌功能。这种情况可能是先天性的自身免疫倾向导致，也可能在后天因某些诱因激发自身免疫反应。
遗传因素
遗传性甲状旁腺功能减退：某些遗传性疾病会导致甲状旁腺功能减退。比如家族性低钙血症性高磷血症，这是一种常染色体显性遗传病，由于基因缺陷，导致甲状旁腺激素分泌或作用异常，使得血钙降低、血磷升高。患者从幼年时期可能就会出现相关症状，需要长期监测钙磷水平并进行相应治疗。
其他罕见因素
浸润性疾病：像血色病，过多的铁沉积会损害甲状旁腺组织；淀粉样变性也可能浸润甲状旁腺，影响其正常结构和功能，进而导致甲状旁腺功能减退。这类情况相对较为罕见，但也会引起钙磷代谢紊乱，出现低钙等相关临床表现。