来月经时肚子疼、腰疼，多与前列腺素分泌有关。女性月经期间，子宫内膜会合成并释放较多前列腺素，前列腺素增多可引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态，从而出现痛经，同时前列腺素还可能影响到腰部的神经，导致腰疼，这种情况在青春期女性中较为常见，据统计，约有50%的青春期女性会出现不同程度的痛经表现。
生理性原因导致
子宫内膜前列腺素分泌异常： 前面提到，月经时子宫内膜合成前列腺素增加，尤其是前列腺素F2α和前列腺素E2含量增高，会引起子宫平滑肌过度收缩、痉挛性收缩，进而出现肚子疼，同时疼痛可能放射到腰部，引起腰疼。一般这种情况在月经的前1 - 2天比较明显，随着经血排出，症状会逐渐缓解。子宫位置异常： 如子宫后倾后屈位，月经血排出不畅，子宫为了排出经血，会加强收缩，从而引发肚子疼，并且这种异常位置可能会牵拉腰部组织，导致腰疼。这种情况在一些女性中先天存在，但并不是所有子宫位置异常的女性都会出现明显的经期不适。
病理性原因导致
子宫内膜异位症： 子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，比如盆腔、卵巢等。在月经期间，异位的内膜组织也会出血，刺激周围组织，引起肚子疼，而且疼痛往往会进行性加重，同时也可能伴有腰疼，这种疼痛可能在月经前1周左右就开始出现，持续整个经期。据研究，子宫内膜异位症患者中约有30% - 50%会出现经期腰疼、肚子疼的情况。子宫腺肌病： 子宫肌层内出现异位的子宫内膜腺体及间质，月经时，异位的内膜也会出血，导致子宫肌层膨胀，引起强烈收缩，出现严重的肚子疼，疼痛也可放射至腰部，导致腰疼。这类患者的肚子疼往往比较剧烈，而且可能伴有月经量增多、经期延长等表现。
其他因素影响
精神心理因素： 长期精神紧张、焦虑、压力大等，也可能在月经期间加重肚子疼、腰疼的感觉。比如有些女性在月经前就因为担心经期不适而处于紧张状态，到了经期这种不适感觉会被放大。生活习惯： 经期过度劳累、剧烈运动、进食过多寒凉食物等，也可能诱发或加重经期肚子疼、腰疼。例如经期长时间站立工作、剧烈运动后，身体疲劳，会使得经期的不适症状更明显；经期吃太多冷饮，可能导致子宫血管收缩，加重痛经和腰疼。