来月经时肚子疼、腰疼可能由多种原因引起，常见的有前列腺素分泌增加、子宫收缩异常、盆腔充血以及一些妇科疾病等因素导致。
前列腺素分泌增加
月经期间，子宫内膜会合成并释放较多前列腺素，尤其是前列腺素F2α和前列腺素E2，它们可引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态，从而出现肚子疼，同时疼痛可能放射至腰部引起腰疼。一般在月经来潮最初1 - 2天较为明显。
子宫收缩异常
子宫收缩不协调也会引发经期腹痛腰痛。正常情况下子宫肌层的收缩是有序且协调的，而当出现收缩不协调时，子宫局部缺血缺氧加重，就会导致肚子疼并牵涉到腰部疼痛，这种情况在青春期女性中相对多见。
盆腔充血
月经期间盆腔处于充血状态，会对周围组织产生一定刺激，进而引起肚子疼以及腰部的坠胀感疼痛，一般月经前几天盆腔充血就开始逐渐明显，经期时更为突出。
妇科疾病影响
一些妇科疾病也可能导致来月经时肚子疼腰疼，比如子宫内膜异位症，异位的内膜组织会随着月经周期发生出血等变化，刺激周围组织引起疼痛，可表现为痛经并伴有腰疼，这种情况在有过宫腔操作史或者家族中有相关病史的女性中更易出现；还有子宫腺肌病，子宫肌层内的异位腺体在月经时充血、水肿，导致子宫痉挛性收缩引发疼痛，疼痛也可放射至腰部。