来月经肚子疼腰疼多数是原发性痛经引起的，这在青春期女性中较为常见，发生率约为50%。
生理性原因
子宫内膜前列腺素合成与释放异常： 月经期间，子宫内膜会合成前列腺素，尤其是前列腺素F2α和前列腺素E2含量增高时，会引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态，从而出现肚子疼，疼痛还可能放射到腰部，导致腰疼。一般这种情况在月经来潮后数小时开始，可持续2-3天。子宫收缩异常： 子宫收缩过强或不协调也会引发痛经和腰疼。比如子宫痉挛性收缩，会使子宫缺血缺氧，引发疼痛并放射至腰部。
病理性原因
子宫内膜异位症： 子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，如盆腔、卵巢等。异位的内膜也会随月经周期出血，刺激周围组织，导致盆腔粘连、充血，来月经时就会出现肚子疼，且疼痛可能逐渐加重，还常伴有腰疼，这种疼痛有的女性从月经前1-2天就开始出现，持续整个经期。子宫腺肌病： 子宫肌层内出现异位的子宫内膜腺体和间质，子宫均匀性增大，肌层内的异位病灶在月经时充血、水肿，引起子宫强烈收缩，导致肚子疼，疼痛常位于下腹正中，且会放射至腰部，多在经前1周开始出现，经期加重。盆腔炎： 女性盆腔内的器官如子宫、输卵管、卵巢等发生炎症。月经期间，盆腔充血会使炎症部位刺激加重，出现下腹部疼痛，疼痛可放射至腰部，同时还可能伴有白带增多、发热等症状，这种疼痛在经期前后或经期都会比较明显。
其他因素
精神心理因素： 长期焦虑、紧张、压力大等精神心理状态，会影响神经系统对疼痛的敏感性，使得来月经时更容易感觉肚子疼腰疼。比如一些考试前的女生，经期肚子疼腰疼的情况可能更明显。生活习惯： 经期过度劳累、剧烈运动、受凉等也可能诱发或加重来月经时的肚子疼腰疼。例如经期洗冷水澡、吃过多冷饮，会导致盆腔血管收缩，影响子宫血液循环，从而加重疼痛。