骨髓炎主要是由细菌等病原体感染引起的。一般来说，约50%的急性血源性骨髓炎是由金黄色葡萄球菌引起的。
创伤相关感染引发
开放性骨折导致：当发生开放性骨折时，外界的细菌很容易直接侵入骨骼。比如，车祸导致的开放性胫骨骨折，骨折端与外界相通，细菌就有机会进入骨骼内部，引发骨髓炎。手术后感染：在骨科手术过程中，如果消毒不严格或者术后护理不当，也可能引发骨髓炎。像髋关节置换手术后，有1% - 2%的概率会发生骨髓炎，这是因为手术创口为细菌侵入骨骼提供了途径。
血源性感染导致
儿童常见血源性骨髓炎：儿童处于生长发育阶段，干骺端的毛细血管弯曲成血管襻，血流缓慢，细菌容易在此处停留繁殖。例如，儿童患扁桃体炎等上呼吸道感染后，细菌可能进入血液循环，当到达儿童的长骨干骺端时，就容易引发骨髓炎。免疫力低下人群易感染：糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易发生血源性骨髓炎。因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，而且糖尿病患者的血管病变会影响血液供应，使骨骼抗感染能力减弱。
邻近感染蔓延而来
软组织感染蔓延：比如足部的甲沟炎，如果没有得到及时有效的治疗，感染可能会向周围组织扩散，进而蔓延到骨骼，引发骨髓炎。还有手指的脓性指头炎，感染也可能沿着筋膜间隙蔓延至指骨，导致骨髓炎。相邻骨关节感染波及：膝关节结核如果没有得到很好的控制，结核杆菌可能会蔓延到膝关节周围的骨骼，引起骨髓炎。或者髋关节周围的化脓性关节炎，炎症也可能向髋关节附近的骨骼扩散，导致骨髓炎的发生。