骨髓炎主要是由细菌感染引起的，其中金黄色葡萄球菌是最常见的致病菌，约占所有骨髓炎病原体的50%~70%。
创伤相关感染引起
开放性骨折： 当皮肤破损，骨折端与外界相通时，细菌很容易侵入骨骼引发骨髓炎。比如开放性骨折后，如果伤口没有得到及时、彻底的清创处理，细菌就可能在骨折部位滋生繁殖，导致骨髓炎发生。手术后感染： 像骨科手术、关节置换手术等，如果手术过程中无菌操作不严格，或者患者术后伤口护理不当，都可能让细菌进入骨骼，引发骨髓炎。一般这类手术后发生骨髓炎的概率相对较低，但一旦发生后果比较严重。
血源性感染导致
儿童时期： 儿童的骨骺板附近的微小终末动脉与毛细血管往往弯曲形成血管襻，血流缓慢，细菌容易沉积在此处。当身体其他部位有感染病灶，比如皮肤感染、呼吸道感染等，细菌可通过血液循环到达骨骼，儿童长骨的干骺端就成为骨髓炎的好发部位。例如，一个孩子患有扁桃体炎，细菌可能进入血液，随着血流到达长骨的干骺端引发骨髓炎。免疫力低下人群： 老年人、糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人等，自身免疫力较弱，身体抵御细菌的能力下降，更容易发生血源性骨髓炎。比如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的抗感染能力降低，细菌更容易在骨骼中定植生长。
邻近感染蔓延而来
软组织感染蔓延： 邻近骨骼的软组织发生感染，如蜂窝织炎等，如果没有得到有效控制，感染可以向骨骼蔓延。比如足部的软组织感染，可能会慢慢波及到足部的骨骼，引发骨髓炎。牙齿感染波及： 口腔内的牙齿感染，如根尖周炎等，细菌也可能通过牙周组织等蔓延到颌骨，引起颌骨骨髓炎。尤其是一些严重的牙齿感染，细菌扩散的风险更高。