扁桃体经常发炎多是由病原体感染、自身免疫力等因素引起。一般来说，细菌和病毒是导致扁桃体发炎的常见病原体，其中A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体炎的主要致病菌。
病原体持续感染
细菌感染： 当人体抵抗力下降时，隐藏在扁桃体隐窝内的A组乙型溶血性链球菌等细菌大量繁殖，就会引发扁桃体发炎。这类细菌很顽固，若没有得到彻底清除，就容易反复导致扁桃体发炎。病毒感染： 像EB病毒、腺病毒等病毒感染也会引起扁桃体发炎。比如EB病毒感染，初期可能出现发热、咽痛等扁桃体发炎的症状，而且病毒在体内持续存在或再次激活时，就会让扁桃体经常发炎。
自身免疫力因素
儿童时期易发病： 儿童的免疫系统还在发育阶段，抵抗力相对较弱，扁桃体作为呼吸道的第一道防线，更容易受到病原体的侵袭，所以儿童时期扁桃体经常发炎的情况比较常见。一般儿童到10岁左右，扁桃体的免疫功能会逐渐减弱，发炎频率也会降低。免疫力低下人群： 本身患有免疫缺陷病或者长期使用免疫抑制剂的人，身体抵抗力差，扁桃体容易反复被病原体感染，从而经常发炎。比如艾滋病患者，由于免疫系统被破坏，扁桃体发炎的几率就会大大增加，而且炎症不容易消退。
局部因素影响
扁桃体隐窝引流不畅： 扁桃体表面有许多小隐窝，如果隐窝口堵塞，分泌物引流不出来，就为细菌、病毒滋生提供了温床，容易反复引发扁桃体发炎。例如，扁桃体隐窝内积存了脱落的上皮细胞、细菌等，形成栓子样物，就会导致炎症反复。邻近器官炎症波及： 邻近器官的炎症也可能波及扁桃体，引发发炎。比如鼻窦炎、咽炎等，炎症蔓延到扁桃体，使其经常处于发炎状态。像鼻窦炎患者，鼻腔分泌物倒流刺激扁桃体，就容易导致扁桃体反复发炎。