灰指甲主要是由皮肤癣菌等真菌感染引起的。据统计，约30%的成人患有不同程度的甲真菌病，也就是灰指甲。
真菌直接感染因素
皮肤癣菌感染： 皮肤癣菌是引发灰指甲最常见的真菌类型，像红色毛癣菌、须癣毛癣菌等都可能入侵指甲。这些真菌会附着在指甲表面，然后逐渐侵入指甲的甲板和甲床，破坏指甲的正常结构，导致指甲变色、增厚、变形等。比如，经常光脚在公共浴室、游泳池等潮湿环境中行走，就容易接触到皮肤癣菌，增加感染风险。酵母菌感染： 白念珠菌是比较常见的引起灰指甲的酵母菌。免疫力低下的人，比如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，更容易受到白念珠菌的侵袭。白念珠菌会在指甲周围和指甲内滋生繁殖，造成指甲的病变。
自身因素影响
指甲损伤： 指甲受到外伤，比如被重物砸到、修剪指甲过度等，会使指甲的屏障功能受损，这就给了真菌可乘之机。一旦指甲有了微小的破损，真菌就可能趁机侵入，引发感染。例如，长期从事需要频繁用手劳作的工作，像建筑工人、木工等，指甲受伤的几率较高，也就更容易患上灰指甲。免疫力低下： 老年人、患有慢性疾病（如艾滋病、肿瘤等）的人，以及长期服用免疫抑制剂的人，身体的免疫力相对较低，对真菌的抵御能力减弱，更容易被真菌感染而患上灰指甲。比如，艾滋病患者由于免疫系统严重受损，感染各种真菌的概率都大大增加，灰指甲就是其中一种常见的感染表现。
环境因素作用
潮湿环境： 长期处于潮湿的环境中，比如居住在南方梅雨季节湿度较大的地区，或者工作环境比较潮湿，像水产加工、洗衣房等行业的工作环境，指甲长时间接触水分，会使指甲的角质层变软，有利于真菌的生长繁殖，从而增加患灰指甲的可能性。据研究，在相对湿度较高的环境中生活或工作的人群，灰指甲的发病率比干燥环境中的人群要高约2 - 3倍。密闭不透气的鞋袜： 穿着不透气的鞋子，比如塑料凉鞋、不透气的运动鞋等，加上袜子不吸汗，会使脚部处于闷热、潮湿的环境，为真菌的生长提供了良好的条件。尤其是在运动后，脚部出汗较多，如果不能及时更换干爽的鞋袜，就很容易滋生真菌，引发灰指甲。