子宫内膜不规则脱落主要是由于黄体萎缩不全引起的。正常情况下，黄体在排卵后9~10天开始萎缩，若黄体萎缩不全，内膜就不能如期完整脱落。一般来说，这种情况可能与下丘脑-垂体-卵巢轴调节功能紊乱有关。
内分泌调节因素
下丘脑-垂体功能异常：当下丘脑分泌的促性腺激素释放激素或垂体分泌的促黄体生成素、促卵泡生成素等激素水平出现波动时，可能影响黄体的正常萎缩过程。例如，某些疾病或精神因素导致下丘脑-垂体功能失调，使得对黄体的调控出现紊乱，进而引发子宫内膜不规则脱落。孕激素分泌不足：黄体分泌的孕激素不足会影响子宫内膜的正常转化和脱落。正常黄体分泌的孕激素能使子宫内膜由增生期转化为分泌期，若孕激素分泌量不够或作用异常，就无法促使子宫内膜按时完全脱落，从而出现子宫内膜不规则脱落的情况。
子宫局部因素
子宫内膜炎症：子宫内膜存在炎症时，会影响内膜的正常生理功能。炎症可能干扰内膜的脱落过程，导致内膜不能规则地脱落。比如慢性子宫内膜炎，长期的炎症刺激使得内膜的修复和脱落机制受到破坏，容易引发子宫内膜不规则脱落。子宫内膜对孕激素反应异常：即使有正常量的孕激素，子宫内膜对孕激素的反应出现异常也会导致不规则脱落。也就是说，内膜细胞不能正常响应孕激素的指令来进行正常的脱落，从而出现子宫内膜不规则脱落的现象。
其他因素影响
药物影响：某些药物可能会干扰黄体的功能和内膜的脱落过程。例如长期使用某些影响内分泌的药物，可能打乱正常的激素调节，进而导致子宫内膜不规则脱落。全身性疾病：一些全身性疾病也可能参与其中。比如甲状腺功能异常等疾病，会通过影响内分泌系统，间接影响到黄体和子宫内膜的状态，导致子宫内膜不规则脱落。例如甲状腺功能减退时，机体的代谢和内分泌调节受到影响，可能干扰黄体萎缩及内膜脱落的正常进程。