肝功能异常的原因有多种。比如病毒性肝炎，像乙型肝炎病毒感染，在全球约有20亿人曾感染过乙肝病毒，其中约2.4亿人为慢性乙肝病毒感染者，乙肝病毒持续感染可导致肝功能异常。
一、感染因素
病毒感染：除了乙肝病毒，丙肝病毒感染也是常见导致肝功能异常的原因。丙肝病毒可引起肝脏的炎症反应，长期感染可能发展为肝硬化甚至肝癌。细菌感染：某些细菌感染也可能影响肝功能，比如伤寒杆菌感染，会引发全身炎症反应，进而波及肝脏，导致肝功能指标异常。
二、药物与毒物因素
药物：有很多药物可能损伤肝脏，像抗结核药异烟肼，约有10% - 20%的患者使用异烟肼后会出现无症状的转氨酶升高，少数人可能出现明显的肝损害症状。毒物：长期接触某些毒物也会导致肝功能异常，例如黄曲霉毒素，它是一种强致癌物，常存在于霉变的花生、玉米等食物中，摄入后会损害肝脏细胞，引起肝功能异常。
三、自身免疫因素
自身免疫性肝炎：这是一种由自身免疫反应介导的肝脏炎症性疾病，多发生于女性，发病年龄多见于10 - 30岁和40 - 60岁两个年龄段。患者体内免疫系统错误地攻击自身肝细胞，导致肝功能持续异常，若不及时治疗，可能进展为肝硬化。原发性胆汁性胆管炎：也是自身免疫相关的肝病，主要是胆管遭到自身免疫系统破坏，胆汁淤积，进而影响肝功能，好发于中年女性。
四、代谢相关因素
脂肪肝：随着生活方式改变，肥胖人群增多，脂肪肝发病率上升。尤其是肥胖性脂肪肝，当肝脏内脂肪堆积过多，超过肝脏重量的5% - 10%时，就可能引起肝功能异常，肥胖者中约有20% - 30%合并脂肪肝。酒精性肝病：长期大量饮酒是常见原因，一般来说，男性每天饮酒超过40克酒精，女性超过20克酒精，持续5年以上，就容易引发酒精性肝病，导致肝功能异常，酒精量换算公式为：酒精克数 = 饮酒量（毫升）×酒精含量（%）×0.8。