肝功能异常的原因有多种。比如感染因素，像病毒性肝炎就较为常见，其中乙肝病毒感染较为多见，据统计全球有大量人群感染乙肝病毒，而乙肝病毒感染后可能会引发肝功能异常。
一、感染因素相关
病毒性肝炎： 除了乙肝病毒，丙肝病毒感染也会导致肝功能异常。丙肝病毒主要通过血液传播等途径，感染后会在体内引发免疫反应，损伤肝细胞，影响肝功能。寄生虫感染： 如肝吸虫感染，人食用了含有肝吸虫囊蚴的生或未熟的淡水鱼虾后，肝吸虫会在体内寄生，损害肝脏组织，进而引起肝功能异常。
二、药物或毒物因素
药物性肝损伤： 很多药物都可能导致肝功能异常，像抗结核药异烟肼，部分人服用后可能会出现肝损伤情况，引起转氨酶升高等肝功能异常表现。毒物接触： 长期接触某些有毒物质，比如四氯化碳，它进入人体后会在肝脏代谢，对肝细胞造成直接的毒性损害，导致肝功能出现异常改变。
三、自身免疫性因素
自身免疫性肝炎： 这是一种由于自身免疫反应介导的肝脏炎症性疾病，多发于女性，患者体内会产生针对自身肝细胞的抗体，攻击肝细胞，从而引起肝功能异常，如出现胆红素升高、转氨酶升高等情况。原发性胆汁性胆管炎： 属于自身免疫性疾病，主要是免疫系统攻击胆管，导致胆管破坏、胆汁淤积，进而影响肝脏的正常功能，出现肝功能异常相关指标的改变。
四、代谢性因素
脂肪肝： 尤其是非酒精性脂肪肝，与肥胖、高脂饮食、缺乏运动等因素密切相关。当肝脏内脂肪堆积过多时，会影响肝细胞的正常代谢和功能，导致肝功能出现异常，常见的有转氨酶升高等。 Wilson病： 这是一种先天性铜代谢障碍性疾病，体内铜代谢异常，过多的铜沉积在肝脏等器官，损害肝细胞，引起肝功能异常，同时还可能伴有神经系统等方面的症状。