牙周炎和牙龈炎的药物治疗需根据病情来选。一般来说，常用的药物有抗生素类，比如甲硝唑，它能抑制厌氧菌生长，对牙周炎、牙龈炎有一定消炎作用，但2岁以下儿童禁用甲硝唑。
抗生素类药物
甲硝唑： 主要针对厌氧菌感染，能抑制牙周炎、牙龈炎患者口腔内厌氧菌的生长繁殖，起到消炎作用，但2岁以下儿童禁止使用。阿莫西林： 属于广谱抗生素，可用于轻度的牙周炎、牙龈炎消炎，但对青霉素过敏者不能用。
抗炎类药物
布洛芬： 有抗炎、镇痛作用，能缓解牙周炎、牙龈炎引起的疼痛和炎症，但有消化道溃疡病史的人要慎用。双氯芬酸钠： 同样具有抗炎、镇痛功效，能减轻牙周组织的炎症反应和疼痛，但严重肝肾功能不全者禁用。
局部用药
碘甘油： 局部涂抹于牙龈沟内，能起到消炎、收敛的作用，可缓解牙龈的红肿、出血等症状，儿童使用时需谨慎，要在成人监护下使用。氯己定含漱液： 含漱能抑制口腔内细菌生长，减少菌斑形成，帮助改善牙周炎、牙龈炎的症状，但长期使用可能会使牙齿着色，儿童使用时要注意控制含漱时间和频率。