怀孕两个月上完厕所有褐色分泌物可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：怀孕初期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、剧烈运动等可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，血液在阴道内停留时间较长时会呈现褐色。此外，还可能伴有下腹疼痛、坠胀等不适。需要及时就医，进行超声检查、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以明确诊断。如果是先兆流产，需要卧床休息，遵医嘱使用黄体酮、地屈孕酮等保胎药物治疗。
2.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生形成的赘生物，质地脆弱，血管丰富，同房或妇科检查时容易导致息肉破裂出血，表现为阴道分泌物中有血丝或褐色分泌物。一般通过妇科检查即可确诊。较小的宫颈息肉通常不需要治疗，但需要定期复查。如果息肉较大，或经常出现出血等症状，需要进行手术切除。
3.其他：除了上述原因，胎盘位置低置、阴道炎、宫颈炎等也可能导致怀孕两个月上完厕所有褐色分泌物。
总之，怀孕两个月上完厕所有褐色分泌物需要引起重视，建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意休息，避免劳累和剧烈运动，禁止性生活，保持外阴清洁卫生。如果褐色分泌物持续不消失或伴有其他不适症状，应及时就医。