怀孕两个月早上上厕所发现有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：在怀孕早期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、孕酮水平低等因素都可能导致先兆流产，出现阴道少量出血，血液在阴道内停留时间较长，就会呈现褐色。除了褐色分泌物，还可能伴有下腹部疼痛、腰酸等症状。如果出血量增多或出现阵发性下腹痛，可能发展为难免流产。此时需要及时就医，进行超声检查、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以明确诊断。如果是先兆流产，医生会根据具体情况给予卧床休息、孕激素类药物等保胎治疗。
2.异位妊娠：受精卵着床在子宫体腔以外的部位称为异位妊娠，以输卵管妊娠最为常见。异位妊娠时，随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂或流产，引起阴道出血。出血量一般较多，可伴有下腹疼痛。如果发生输卵管妊娠破裂，还可能出现晕厥和休克等严重并发症。超声检查、血β-hCG测定等有助于诊断异位妊娠。一旦确诊，应及时治疗，根据病情选择药物保守治疗或手术治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生形成的赘生物，质地脆弱，血管丰富，同房或妇科检查时容易导致息肉破裂出血，表现为阴道分泌物中有血丝或少量阴道流血。宫颈息肉通常需要手术摘除。
4.其他：葡萄胎、胎停育等也可能导致怀孕两个月时出现褐色分泌物。
此外，一些全身性疾病，如血小板减少性紫癜、再生障碍性贫血等，也可能引起阴道出血。
总之，怀孕两个月早上上厕所发现有褐色分泌物是一种异常情况，需要引起重视。建议及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行相应的治疗。同时，要注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅。如果出血量增多、腹痛加剧或出现其他异常情况，应立即就医。