川崎病的病因目前尚未完全明确，但普遍认为与感染因素以及免疫反应等有关。目前研究推测，可能是某种感染源触发了机体异常免疫反应，从而导致了川崎病的发生。
感染因素相关
病毒感染： 有研究发现，多种病毒可能与川崎病的发病有关，比如逆转录病毒、柯萨奇病毒等。不过具体是如何通过病毒感染引发川崎病的，还在进一步探索中，目前已知病毒感染后可能会影响机体的免疫调节机制。细菌感染： 链球菌等细菌感染也被怀疑与川崎病有一定关联。有证据显示，细菌感染后可能会改变机体的免疫状态，使得免疫系统出现异常激活，进而引发类似川崎病的炎症反应。
免疫因素相关
免疫系统异常激活： 川崎病患儿的免疫系统会出现过度激活的情况。正常情况下，免疫系统会精准识别和应对外来病原体，但在川崎病患儿体内，免疫系统错误地将自身组织当作外来异物进行攻击，引发全身血管的炎症反应。细胞因子失衡： 川崎病患儿体内会出现细胞因子的失衡现象。例如，白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6等促炎细胞因子会大量增多，而一些抗炎细胞因子相对不足，这种失衡状态会导致血管持续处于炎症损伤状态，影响血管的正常结构和功能。
遗传易感性相关
遗传因素影响： 有研究表明，川崎病具有一定的遗传易感性。某些特定的基因变异可能会增加个体患川崎病的风险。不过，并不是携带相关基因就一定会发病，而是在多种因素共同作用下才可能引发疾病。比如，某些人类白细胞抗原（HLA）基因的变异与川崎病的发病存在一定关联，不同种族人群中相关基因的分布和作用也可能有所不同。