川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与多种因素有关。目前认为川崎病可能是由感染因素引发的，比如某些病毒感染，像逆转录病毒、金黄色葡萄球菌等感染可能会触发机体的异常免疫反应，从而导致川崎病的发生。不过具体确切病因还不十分清晰。
感染因素相关情况
病毒感染方面： 有研究提示，多种病毒可能与川崎病的发病有关，例如EB病毒、柯萨奇病毒等。这些病毒感染人体后，可能会作为病原体刺激机体的免疫系统，使得免疫系统出现异常的免疫应答，进而引发血管的炎症反应，最终导致川崎病的一系列临床表现。细菌感染方面： 金黄色葡萄球菌等细菌感染也被怀疑与川崎病的发病存在关联。细菌感染人体后，其产生的某些物质可能会成为抗原，激活机体的免疫细胞，引发过度的免疫反应，波及血管系统，导致血管炎症的出现。
免疫因素相关情况
免疫系统异常激活： 在川崎病患者体内，免疫系统会出现异常激活的情况。T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会被过度活化，产生大量的细胞因子和炎症介质，如白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6、肿瘤坏死因子等。这些炎症介质会引起血管内皮细胞的损伤，导致血管炎症反应，出现发热、皮疹、黏膜炎症等川崎病的典型症状。免疫复合物沉积： 异常激活的免疫系统产生的免疫复合物可能会沉积在血管壁上，进一步加重血管的炎症反应，使得血管的损伤持续存在，影响血管的正常功能，导致川崎病的病情迁延不愈或者反复发作等情况。
遗传因素相关情况
遗传易感性： 研究发现川崎病具有一定的遗传易感性。有家族聚集性的现象，也就是说如果家族中有亲属患有川崎病，那么其他家庭成员患川崎病的风险可能会相对增高。这提示遗传因素在川崎病的发病中起到了一定的作用，但具体是哪些基因参与了川崎病的遗传易感性，还需要进一步深入的研究来明确。不过目前已经发现一些基因位点可能与川崎病的发病相关，但具体机制还在探索当中。