川崎病的具体引起原因目前尚未完全明确，但研究认为可能与多种因素有关。目前普遍认为川崎病是在遗传易感性基础上，由感染等因素触发的机体异常免疫反应所导致。
感染因素相关
病毒感染： 有研究推测，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒、柯萨奇病毒等。不过目前还没有确凿证据表明是单一病毒直接引起川崎病，但病毒感染可能是触发机体免疫反应的一个诱因。例如，某些柯萨奇病毒感染后，可能会引发机体免疫功能紊乱，进而增加患川崎病的风险。细菌感染： 链球菌等细菌感染也被怀疑与川崎病的发生存在关联。不过同样需要更多的研究来进一步明确细菌感染在川崎病发病中的确切作用机制。
免疫因素相关
免疫异常激活： 川崎病患儿体内存在明显的免疫异常激活现象。患儿的免疫系统会出现过度的炎症反应，多种细胞因子和炎症介质大量释放。比如白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6等炎症因子水平会显著升高，导致全身血管的炎症反应，这是川崎病导致血管病变等一系列临床表现的重要原因。T 淋巴细胞功能失调： 患儿体内的T淋巴细胞功能出现失调情况。正常的T淋巴细胞能够调节机体的免疫平衡，但在川崎病患儿中，T淋巴细胞的亚群比例和功能发生改变，不能正常发挥免疫调节作用，从而使得免疫反应失控，引发全身血管的炎症过程。
遗传因素相关
遗传易感性： 川崎病具有一定的遗传易感性。研究发现，某些基因的多态性与川崎病的发病风险相关。比如人类白细胞抗原（HLA）基因位点的某些变异可能会增加个体患川崎病的风险。不过遗传因素并不是单独导致川崎病的原因，而是在与环境等因素相互作用下，才可能促使川崎病的发生。例如，携带某些特定HLA基因变异的个体，在遇到合适的感染等环境诱因时，更容易发生川崎病相关的免疫异常反应。