新生儿黄疸主要是因新生儿体内胆红素代谢出现异常导致的。据统计，约60%的足月儿和80%的早产儿在出生后会出现生理性黄疸。
胆红素生成过多方面
红细胞数量多且寿命短： 新生儿的红细胞数量比成人多，而且红细胞寿命相对较短，大约70 - 90天，而成人红细胞寿命约120天，所以新生儿红细胞更新快，产生胆红素的量就多。例如，新生儿每克血红蛋白分解可产生约34mg胆红素，而成人约为25mg。旁路胆红素来源多： 新生儿体内旁路胆红素（来自肝、脾等组织内的血红蛋白及骨髓中无效造血的血红蛋白）较多，这些都会使胆红素生成增加。
肝脏处理胆红素能力不足方面
肝细胞摄取胆红素能力差： 新生儿出生时肝细胞内Y、Z蛋白含量低，出生后1周才逐渐达到成人水平。Y、Z蛋白是肝细胞摄取胆红素的重要载体，它们含量低就导致摄取胆红素的能力不足。肝细胞结合胆红素功能不完善： 新生儿肝脏内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UGT）含量低且活性不足，约在出生后1周左右才逐渐增加。这种酶是将未结合胆红素转化为结合胆红素的关键酶，酶的不足使得结合胆红素的能力受限。
肠肝循环特点方面
肠道内β - 葡萄糖醛酸苷酶活性高： 新生儿肠道内β - 葡萄糖醛酸苷酶活性较高，这种酶能将结合胆红素水解成未结合胆红素，使得肠道内未结合胆红素又被重吸收进入血液，形成肠肝循环，导致血中胆红素水平升高。例如，新生儿肠道内该酶活性比成人高很多，会促进肠肝循环的进行。肠道菌群建立不完善： 新生儿出生时肠道菌群尚未完全建立，正常肠道菌群可以抑制β - 葡萄糖醛酸苷酶的活性，而菌群不完善就不能很好地抑制该酶，也会影响肠肝循环对胆红素水平的调节。