治疗扁平疣的药膏有多种，常用的如维A酸类药膏，像0.1%维A酸乳膏，可调节细胞分化等，但一般需要连续使用数周才能见效。
维A酸类药膏
作用机制： 维A酸类药膏能促进表皮细胞更新，调节角质形成细胞的生长和分化，从而帮助消除扁平疣。注意事项： 使用时可能会有局部刺激症状，如红斑、脱屑等，一般在用药初期较明显，孕妇禁用这类药物。
水杨酸类药膏
作用原理： 水杨酸具有角质剥脱作用，能促使扁平疣角质层脱落，进而改善症状。使用特点： 使用时要注意避免接触正常皮肤，以免造成刺激，对于皮肤敏感者使用需谨慎。
干扰素凝胶
抗病毒作用： 干扰素凝胶具有抗病毒活性，能抑制病毒的复制和增殖，从而帮助清除扁平疣。适用情况： 对于一些免疫功能正常但扁平疣顽固的患者可以使用，不过使用过程中可能会出现局部轻度的红肿、瘙痒等不良反应。
氟尿嘧啶软膏
抑制细胞增殖： 氟尿嘧啶软膏能通过抑制细胞的增殖来发挥作用，对扁平疣有一定的治疗效果。禁忌情况： 此药对皮肤有刺激性，面部等皮肤薄嫩部位要慎用，孕妇禁用，而且不能长期大面积使用。