小脑萎缩的引起原因较多，遗传因素是其中之一，约有5%-10%的小脑萎缩与遗传基因突变有关，比如常见的脊髓小脑性共济失调，就是一种常染色体显性遗传的神经系统变性疾病，多在30-40岁左右发病，但也有儿童期或老年发病的情况。
遗传因素：
基因突变导致： 像上述的脊髓小脑性共济失调，是由于编码ataxin-3等蛋白的基因发生了CAG三核苷酸重复序列异常扩增，使得产生的异常蛋白积聚，损害小脑等神经细胞，从而引发小脑萎缩。而且这种遗传有明显的家族聚集性，如果家族中有此类患者，后代患病风险会增高。
神经系统退行性疾病：
多系统萎缩： 这是一种成年期发病的神经系统退行性疾病，主要累及锥体外系、锥体系、小脑和自主神经系统等。其中橄榄体脑桥小脑萎缩型就会出现小脑萎缩，患者会逐渐出现共济失调、构音障碍、自主神经功能不全等表现，病情会进行性加重。一般多系统萎缩的发病年龄多在30-60岁，男性稍多于女性。阿尔茨海默病后期： 阿尔茨海默病主要表现为进行性认知功能障碍和行为损害，但部分患者在疾病后期也可能合并小脑萎缩，进而出现平衡障碍等表现。
中毒因素：
药物中毒： 长期服用一些有神经毒性的药物可能会导致小脑萎缩，比如长期大量服用抗癫痫药物苯妥英钠，就有可能引起小脑萎缩相关的共济失调等症状。酒精中毒： 长期大量饮酒的人，酒精会对小脑等神经系统产生毒性作用，破坏神经细胞的结构和功能，导致小脑萎缩。通常饮酒10年以上，且每天酒精摄入量较多（比如折合乙醇量男性超过40g/天，女性超过20g/天）的人群，发生小脑萎缩的风险明显增加。
其他因素：
脑部感染： 某些脑炎，如病毒性脑炎，在急性期如果没有得到及时有效的治疗，炎症损伤可能会波及小脑，进而导致小脑萎缩。比如单纯疱疹病毒性脑炎，如果病情严重，就可能遗留小脑萎缩的后遗症。头部外伤： 严重的头部外伤，尤其是累及小脑部位的外伤，可能会直接损伤小脑组织，后续随着时间推移可能逐渐出现小脑萎缩。一般头部外伤后，如果出现长期的共济失调等表现，需要警惕小脑萎缩的发生。