肾结石形成的原因较多，主要与代谢异常、局部因素、药物因素等有关。一般来说，尿液中一些物质浓度过高，析出结晶，逐渐形成结石，比如尿液中钙、草酸、尿酸等浓度升高。
代谢异常相关因素
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多会增加肾结石形成风险，正常成人24小时尿钙排泄量一般在200 - 300mg，如果超过这个范围就可能有影响。另外，草酸摄入过多也易引发肾结石，像菠菜、苋菜、巧克力等食物中草酸含量较高，长期大量食用可能导致尿中草酸浓度升高。身体代谢紊乱：甲状旁腺功能亢进患者，甲状旁腺激素分泌增多，会使骨钙大量释放，导致血钙和尿钙增高，进而容易形成肾结石。还有肾小管酸中毒患者，肾脏对酸碱平衡调节出现问题，也会影响尿液成分，增加肾结石形成几率。
局部因素相关因素
尿路感染：尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，使尿液中的晶体物质围绕其沉积，形成结石。比如一些慢性尿路感染患者，长时间受到炎症刺激，更容易长肾结石。尿路梗阻：尿路狭窄、前列腺增生等原因导致尿路梗阻，尿液排出不畅，尿液中的晶体物质就容易在局部沉积，逐渐形成结石。比如男性前列腺增生患者，年龄多在50岁以上，随着年龄增长发病率逐渐升高，前列腺增生会引起尿路梗阻，增加肾结石发生风险。
药物因素相关因素
某些药物：如氨苯蝶啶、茚地那韦、硅酸盐等药物，长期服用可能会增加肾结石形成的可能性。例如长期服用茚地那韦的艾滋病患者，相对更容易出现肾结石情况。不过这类药物导致肾结石的机制各不相同，有的是药物本身在尿液中浓度过高析出结晶，有的是影响了尿液的理化性质等。