肾结石形成的原因有多种。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易析出结晶，逐渐形成结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就增加了肾结石的发生风险。
代谢因素导致
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，高钙尿症患者发生肾结石的几率就会升高。正常情况下，人体每天尿钙排泄量在一定范围内，若超出这个范围，就为肾结石的形成提供了物质基础。尿酸代谢异常： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会使尿酸浓度升高，当尿液中尿酸过饱和时，就会形成尿酸结石。有研究表明，高尿酸血症患者患尿酸结石的风险比正常人高很多。
饮食因素影响
高草酸食物摄入过多： 像菠菜、苋菜、巧克力、坚果等食物中草酸含量较高，如果长期大量食用，会导致尿液中草酸浓度升高，进而促进肾结石形成。比如，一个人如果经常大量吃菠菜，就会增加尿液中草酸的排出量，增加肾结石风险。高嘌呤食物摄入过量： 动物内脏、海鲜、肉汤等富含嘌呤，嘌呤代谢的最终产物是尿酸，大量摄入高嘌呤食物会使尿酸生成增多，容易引发尿酸结石。例如，长期频繁吃动物内脏的人，患尿酸结石的可能性会增加。
疾病与药物作用
某些疾病影响： 一些疾病会增加肾结石的发生几率。比如，甲状旁腺功能亢进症患者，由于甲状旁腺激素分泌过多，会导致血钙升高，进而使尿钙增多，容易形成钙结石。还有肾小管酸中毒患者，尿液的酸碱度等成分发生异常，也容易形成结石。药物导致： 某些药物也可能引发肾结石。例如，长期服用维生素C的人，维生素C在体内代谢后会产生草酸，从而增加尿液中草酸的含量，增加肾结石风险；一些利尿剂也可能影响尿液的成分，导致结石形成。