肾结石形成的原因有多种。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易析出形成结晶，进而发展为肾结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就增加了肾结石的发生风险。
代谢异常导致
尿液成分改变： 当人体代谢出现问题时，尿液中的某些物质含量会发生变化。例如，尿液中钙的排泄量增加，就可能使尿液中钙的浓度升高。正常情况下，尿液中的钙会处于一个相对稳定的水平，但如果因为代谢因素导致钙排泄增多，就容易形成以钙为主要成分的肾结石。再比如，尿酸代谢异常时，尿酸排出量增加，尿液中尿酸浓度过高，也容易形成尿酸结石。尿量减少： 每天的饮水量过少会导致尿量减少，尿液中各种溶质的浓度就会升高，使得晶体更容易析出。一般建议肾结石患者每天的饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以保证足够的尿量来稀释尿液中的溶质浓度。如果尿量长期不足，就会增加肾结石形成的几率。
饮食因素影响
高草酸食物摄入过多： 像菠菜、坚果、巧克力等食物中草酸含量较高。如果长期大量食用这些高草酸食物，会使人体摄入过多的草酸，经过代谢后，尿液中的草酸含量也会相应增加，从而容易与钙结合形成草酸钙结石。例如，经常大量吃菠菜的人，相比饮食中草酸摄入少的人，患肾结石的风险会明显升高。高嘌呤食物摄入过多： 动物内脏、海鲜等食物属于高嘌呤食物。人体摄入过多高嘌呤食物后，嘌呤代谢会产生过多的尿酸，尿酸排出增多，当尿液中尿酸浓度过高时，就容易形成尿酸结石。
疾病相关因素
泌尿系统解剖异常： 如果存在泌尿系统的解剖结构异常，比如肾盂输尿管连接处狭窄等情况，会导致尿液排出不畅。尿液在肾脏内停留时间过长，其中的溶质就容易析出形成结石。而且尿液排出不畅还会使细菌容易滋生，细菌感染也可能促进肾结石的形成。某些疾病引发： 一些疾病也会增加肾结石的发生风险，比如甲状旁腺功能亢进症，患者会出现血钙升高的情况，进而使尿液中钙的排出增加，容易形成肾结石。还有肾小管酸中毒等疾病，也会影响尿液的正常代谢，导致肾结石的形成。