紧急避孕药主要通过多种方式发挥作用，一般在无防护性生活或避孕失败后72小时内服用能起到避孕效果。
主要作用原理之一：抑制排卵
改变激素水平：紧急避孕药中含有高剂量的孕激素，服用后会使女性体内的激素水平迅速升高，从而干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能，抑制卵泡的发育和排卵。例如，正常情况下女性每个月经周期会有一个优势卵泡发育成熟并排卵，而服用紧急避孕药后，这种正常的排卵过程就会被打乱。
主要作用原理之二：阻碍受精
影响宫颈黏液：它会使宫颈黏液变得黏稠，这样一来精子就难以穿过宫颈进入宫腔。正常的宫颈黏液在排卵期时会变得稀薄，有利于精子通过，但服用紧急避孕药后，宫颈黏液性状改变，就像设置了一道阻碍精子通行的“关卡”。
主要作用原理之三：干扰着床
改变子宫内膜环境：紧急避孕药还会对子宫内膜产生影响，使子宫内膜不利于受精卵着床。正常情况下，子宫内膜会随着月经周期发生相应变化，为受精卵着床做好准备，但服用紧急避孕药后，子宫内膜的形态和功能会发生异常改变，即使精子和卵子结合形成了受精卵，也难以在子宫内着床发育。需要注意的是，紧急避孕药不能作为常规避孕方法，一个月经周期内一般只能服用一次，且一年内服用次数不宜超过3次。它对女性的内分泌系统有一定影响，可能会导致月经紊乱等情况，但这种影响通常是暂时的，一般在1 - 2个月经周期后会逐渐恢复正常。而且，紧急避孕药的避孕有效率并不是100%，存在避孕失败的可能，如果服药后月经推迟一周以上，应及时就医排查是否怀孕。